Benicio Del Toro est né le 19 février 1967 à Santurce, à Porto Rico. C'est là qu'il grandit, avant de s'installer, avec sa famille, dans une ferme en Pennsylvanie. Après le lycée, il quitte le domicile familial pour la Californie, où il suit les cours à la University of California à San Diego, où il étudie le